Vào thế kỷ XVI, những người châu Âu đi đến tiểu lục địa Ấn Độ bắt đầu nhận ra những nét tương tự giữa các ngôn ngữ Ấn-Arya, Iran, và châu Âu. Năm 1583, nhà truyền giáo Dòng Tên người Anh Thomas Stephens tại Goa đã viết một lá thư cho người thân (không được công bố cho tới tận thế kỷ XX),[3] mà trong đó ông đề cập đến sự tương đồng giữa ngôn ngữ Ấn Độ (đặc biệt là tiếng Phạn) với tiếng Hy Lạp và tiếng Latinh.

Filippo Sassetti, một nhà buôn sinh ra tại Florence năm 1540, cũng nhận thấy điều tương tự khi đi đến Ấn Độ. Năm 1585, ông ghi nhận một số sự tương đồng từ vựng giữa tiếng Phạn và tiếng Ý (gồm devaḥ/dio "chúa", sarpaḥ/serpe "rắn", sapta/sette "bảy", aṣṭa/otto "tám", và nava/nove "chín").[3] Tuy nhiên, quan sát của Stephens và Sassetti đã không dẫn đến nghiên cứu chuyên sâu hơn nào.[3]

Năm 1647, học giả và nhà ngôn ngữ học người Hà Lan Marcus Zuerius van Boxhorn chú ý đến nét tương tự ở một số ngôn ngữ châu Á và châu Âu nhất định, và cho rằng chúng xuất phát một ngôn ngữ chung gọi là Scythia. Các ngôn ngữ trong giả thuyết của ông gồm tiếng Hà Lan, tiếng Albania, tiếng Hy Lạp, tiếng Latinh, tiếng Ba Tư, và tiếng Đức, sau đó cho thêm vào các ngôn ngữ Slav, các ngôn ngữ Celt, và các ngôn ngữ gốc Balt. Ý kiến của Van Boxhorn không phổ biến và cũng không giúp khuyến khích nghiên cứu sâu hơn.

Thomas Young lần đầu tiên sử dụng thuật ngữ Indo-European năm 1813, dựa trên phân bố địa lý của hệ này: từ Tây Âu tới Bắc Ấn Độ.[4][5] Từ đồng nghĩa Indo-Germanic (Ấn-German, Idg. hay IdG.), xuất hiện năm 1810 bằng tiếng Pháp (indo-germanique) trong nghiên cứu của Conrad Malte-Brun; thuật ngữ này hiện bị xem là lỗi thời và ít phổ biến hơn Indo-European, dù trong tiếng Đức indogermanisch vẫn là thuật ngữ chuẩn.